Chercheur·e / Postdoctorant·e en écologie microbienne

Descriptif du service

La personne recrutée intègrera le Laboratoire LIttoral Environnement et Sociétés (LIENSs, UMR 7266, CNRS, La Rochelle).

LIENSs met l’interdisciplinarité au service des enjeux du développement durable en lien avec le littoral. Il intègre les compétences de nombreuses disciplines qui vont des sciences de l’environnement aux sciences humaines en passant par la chimie et les biotechnologies. Ses recherches se focalisent tout particulièrement sur le fonctionnement du système littoral, son évolution dans un contexte de changement global et d’urbanisation croissante des côtes, son usage et son exploitation durable.

La personne recrutée travaillera dans l’équipe BIOFEEL (BIOdiversité et Fonctionnement des EcosystEmes Littoraux) qui étudie la structure et le fonctionnement des écosystèmes littoraux essentiellement par une approche en écologie trophique. L’équipe analyse la biodiversité et son rôle, depuis l’échelle de l’individu à celle de l’écosystème, et qualifie/quantifie l’évolution de ces écosystèmes en réponses aux changements environnementaux et aux enjeux sociétaux. Pour en savoir plus, cliquez ici.

Le contexte et le projet de recherche

Le projet de recherche sur lequel le/la candidat.e sera recruté.e s’intègrera dans l’axe 1 “Grippes zoonotiques et exposome microbien” du PSGAR (Programmes Scientifiques de Grande Ambition Régionale ) de Nouvelle Aquitaine « Maladies infectieuses et risques sanitaires ». Plus spécifiquement, il est associé au projet EMERG (Exposome microbien et Risque sanitaire : intérêt d’une Gestion One Health des enjeux liés aux grippes zoonotiques) (2024-2028).

Le concept d’exposome englobe l’ensemble des facteurs d’exposition à l’environnement extérieur, spécifiques et non spécifiques, auxquels un organisme est soumis depuis sa préconception et les conséquences de ces expositions au niveau des cellules et des organes à l’origine des processus pathologiques. Bien que le concept d’exposome ait été établi pour la santé humaine et appliqué en particulier aux maladies allergiques (telle que l’asthme), le concept d’exposome peut être étendu aux animaux et végétaux. L’étude de la convergence/l’interaction entre exposomes humains et animaux peut ainsi être abordée au travers du concept « One Health », y compris d’un point de vue écologique tel que le socio-éco-exposome récemment proposé. De plus, son étude renvoie à la notion de biodiversité (biologique, notamment microbienne : virale, fongique, parasitaire et bactérienne), et à la dynamique de cette biodiversité en lien avec l’anthropisation, la pollution et le climat.

Dans ce contexte, le projet EMERG vise à caractériser l’exposome microbien dans différents biotopes de la région de Nouvelle Aquitaine et d’étudier ses liens avec i) la santé animale (le lien entre l’influenza aviaire/porcine, à potentiel zoonotique et l’exposome microbien), humaine (lien entre exposome microbien et risque d’infections émergentes) et/ou végétale ( lien entre exposome microbien et émergence d’agent phytopathogène) ii) l’anthropisation et la pollution (lien entre exposome microbien et environnement à l’heure des épizooties d’influenza aviaires et du risque d’émergence pandémique associé) et iii) le climat (modifications des couloirs de migration, espèces exotiques envahissantes ..).

Ce projet est transverse, à l’interface de nombreuses disciplines (écologie, biologie, microbiologie, infectiologie, physiologie, droit de l’environnement, bioinformatique, modélisation, science vétérinaire) et intègre des activités de recherche à toutes les échelles combinant des sciences fondamentales et appliquées.

Missions

La personne recrutée sera en charge de relier la survenue d’événements d’influenza aviaire (introduction primaire puis diffusion secondaire) et l’exposome microbien.

Dans un premier temps, l’exposome microbien (bactéries, archées, champignons et micro-eucaryotes) de zones côtières et terrestres de Nouvelle Aquitaine sera caractérisé (suivi spatio-temporel et 3 types de prélèvement : eau, sédiment et air). Puis, dans un second temps, ces exposomes à priori peu propices au développement d’influenza aviaire seront comparés à ceux des biotopes où sévissent les virus influenza aviaires afin d’identifier les éléments spécifiques du contexte de ces épizooties (paramètres environnementaux abiotiques ou biotiques, ou éventuellement autres pathogènes et descripteurs du milieu).

Les données obtenues seront analysées avec des outils biostatistiques permettant de déterminer la corrélation entre les différents organismes constituant les exposomes et les réseaux d’interactions existants dans les communautés microbiennes dans son ensemble. Ces analyses permettront d’établir des indices, qui pourront être utilisés comme bioindicateurs d’environnements et/ou de conditions propices au développement de la grippe aviaire à potentiel zoonotique.

Profil recherché

Les candidat.e.s doivent être titulaires d’un doctorat dans un domaine lié à l’écologie microbienne, l’écologie moléculaire ou la microbiologie. Ils/elles doivent avoir une solide expertise en analyses de données issues de l’ADN environnemental. Les candidat.e.s doivent démontrer qu’ils/elles peuvent mener des recherches indépendantes et diriger un projet au sein du consortium de recherche EMERG. La personne recrutée sera amenée à faire des déplacements de longue durée dans les différents laboratoires impliqués dans le co-encadrement du projet de post-doctorat (Pau et Bordeaux).

Compétences requises :

• Connaissance approfondie en biologie moléculaire et microbiologie environnementale. La maitrise d’extraction d’ADN/ARN, de PCR, de méta-barcoding/ métagénomes est essentielle. Une expérience supplémentaire sur des échantillons environnementaux complexes et faiblement concentrés en ADN sera appréciée.
• Expertise en bio-informatique : analyse de séquences (QIIME, DADA2, Mothur, ou autres plateformes d’analyse de données de séquences d’ADN)
• Expertise en bio-statistique : analyses statistiques, programmation (R) et une expérience en analyse de réseaux (co-occurrence) est souhaitée.
• Expérience de terrain
• Langues : Anglais (lu, écrit, parlé).
• Intérêt pour le domaine de la recherche environnementale
• Sens de l’organisation, rigueur, autonomie et méthode, respect des délais
• Capacité à communiquer et à travailler en équipe
• Écoute et prise en compte des demandes
• Expérience en valorisation de la recherche : rédaction d’articles et conférences
• Capacités de vulgarisation et d’adaptation à un public varié

Type de recrutement

Catégorie : A

Affectation : La Rochelle Université, LIENSs (UMR CNRS 7266)

Type : contractuel en CDD 18 mois renouvelable une fois

Durée de travail : temps plein

Rémunération :  A partir de 2 700€ brut par mois (environ 2 200€ net) selon expérience

Recrutement ouvert à toute personne bénéficiaire d’une RQTH 

Avantages

• Participation aux frais de transport en commun domicile-travail à hauteur de 75%
• Forfait mobilité durable pour l’utilisation d’un cycle/covoiturage sur les trajets domicile-travail
• Partenaire KLAXIT
• Participation Mutuelle à hauteur de 15€ /mois
• Restauration collective sur le campus universitaire
• Télétravail possible jusqu’à 2 jours hebdomadaires selon les nécessités et l’organisation du service
• Accompagnement des agents pour leur développement professionnel et préparation aux concours de la fonction publique
• Des offres sport, loisirs et culture pour tous les agents

Contact pour information sur le poste à pourvoir

Hélène Agogué – Chargée de recherche CNRS, LIENSs, La Rochelle helene.agogue@univ-lr.fr

Cristiana Cravo-Laureau – Maître de conférences, IPREM, Université de Pau, cristiana.cravo-laureau@univ-pau.fr

Laurence Delhaeas – PU-PH, CHU et Université de Bordeaux, Inserm U1045, laurence.delhaes@u-bordeaux.fr

Comment candidater ?

Pour faciliter l’étude de votre candidature, le dossier devra inclure, au minimum, les éléments suivants : (i) une lettre de motivation, (ii) un CV détaillé, (iii) un descriptif des compétences techniques et analytiques et en modélisation de données en écologie et analyse des réseaux de co-occurrence, iv) les coordonnées d’au moins 2 personnes de référence et v) une copie du diplôme le plus élevé.

Ce dossier est à déposer sur l’application dédiée à cet effet accessible en cliquant ici  (RECH/LIENSs/24-002)

Date limite de candidature : 30 novembre 2024

Les entretiens s’effectueront courant décembre 2024.

Démarrage souhaité du contrat : à partir de mars 2025.

Une validation de réception des dossiers sera effectuée auprès des candidats dès dépôt d’une candidature. En absence de confirmation de réception du dossier par email, merci de redéposer votre candidature.

Les candidats seront informés de leur sélection pour un entretien dès que possible ; les entretiens s’effectueront par visioconférence. Environ 3 candidats seront auditionnés.

AUCUN DOSSIER INCOMPLET OU ENVOYÉ PAR MAIL NE SERA ETUDIÉ

La Rochelle Université a obtenu le label « HR Excellence in Research » qui reconnait son engagement dans la démarche HRS4R.